Durante la época colonial, se estableció un centro de población tipo hacendario en este lugar, al que se le llamó Hacienda de Lagunillas. Al correr de los años, la vida económica y social giró en torno de la hacienda, hasta que en el año de 1930, a consecuencia de la Reforma Agraria, se le otorgó el título de pueblo, y fue tenencia con correspondencia al Municipio de Acuitzio.
Años más tarde, el Congreso del Estado, decretó el 8 de agosto de 1950, la creación del municipio de Lagunillas con cabecera del mismo nombre.